中央空调冷凝器易结垢，正常在夏季供冷期应该做中央空调冷凝器清洗工作，否则在高硬度水质的环境下运行，循环水系统内溶于水中的无机盐就会随着温度的升高结晶析出，在冷凝器换热面管壁上形成水垢，导致热交换效率降低。同时硬垢增加，则能耗上升，结硬质水垢1mm厚时会增加6%~10%。
由于水的泥土、泥沙、腐殖物形成污垢，加上细菌、藻类等微生物及其分泌物形成的生物粘泥，会附着在冷凝器换热管壁上形成泥垢，严重时造成管路堵塞；而污垢、粘泥会影响热交换效率，多耗电能，造成高压运行，严重时造成超压停机。所有这些严重地影响了冷凝器的正常运行。
中央空调冷凝器清洗分为物理清洗和化学清洗，中央空调冷凝器清洗物理清洗一般用高压水射流将冷凝器铜管的泥垢清理出来；如果结垢为硬质水垢，应进行化学清洗，中央空调冷凝器清洗物理方式无法将水垢除去。为了使冷凝器在好的状态下运行，就需要对冷凝器进行专门的化学药物处理，清除水垢、锈蚀、粘泥、杀菌和防腐蚀处理，还原成清洁的金属表面。